Na Národním úřadu pro kybernetickou a informační bezpečnost se zabývá především implementací Aktu o kybernetické bezpečnosti a Aktu o kybernetické odolnosti na národní úrovni a zastupuje Českou republiku na jednáních platforem Evropské unie pro tyto oblasti. V současnosti působí v pracovní skupině evropských certifikací, kde se primárně věnuje nastavování procesů nutných pro fungování obou certifikačních rámců, zejména vyjednávání adaptačního zákona pro Akt o kybernetické odolnosti.
Jan Procházka se na Národním úřadu pro kybernetickou a informační bezpečnost specializuje na oblast zranitelností, koordinované zveřejňování zranitelností (CVD) a implementaci požadavků aktu o kybernetické odolnosti (CRA). Zaměřuje se především na technické a procesní aspekty zavádění nových regulatorních požadavků. Dříve působil v týmu reakce na kybernetické incidenty, kde se věnoval řešením a koordinaci kybernetických bezpečnostních incidentů hlášených podle zákona o kybernetické bezpečnosti (ZKB).